2055-ben járunk, Mizel támadásától számítva már öt év telt el. Az LBX-ek ismét reménnyel és álmokkal töltik el az embereket. A forrófejű LBX játékos, Sena Arata megérkezik a Kamui-szigetre, ahol a neves Kamui Daimon Általános Akadémia található. Ebben az iskolában a világ legkiválóbb LBX játékosait képzik, valamint virtuális országokba verődve, háborús szimulációkat végeznek, hogy fenntarthassák a világbékét. Arata álma az, hogy fejlődjön, megerősödjön, és egy nap profi játékossá váljon, hogy bebizonyíthassa édesapjának, hogy az LBX-ek nem csupán egyszerű játékszerek. Az iskolában viszont nem olyan könnyű az élet, mint azt elsőnek gondolta, számos nehézségbe ütközik, amiken kénytelen átverekednie magát, ha el akarja érni célját.